Το Εργαστήριο λειτουργεί κυρίως κατά τις εργάσιμες ημέρες και ώρες, σύμφωνα με τον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας του Πανεπιστημίου Δυτικής Αττικής.
Ο Διευθυντής συντονίζει κάθε εργασία η οποία γίνεται στο πλαίσιο ερευνητικού προγράμματος ή άλλου έργου που έχει αποφασιστεί και καθορίζει την προτεραιότητα στη χρησιμοποίηση αναλωσίμων, οργάνων και χώρων, σε περίπτωση που δεν υπάρχει άλλη σχετική απόφαση. Επίσης, έχει την ευθύνη για την προστασία των οργάνων και των εγκαταστάσεων από βλάβες, την ασφαλή παραμονή του προσωπικού, των φοιτητών και επισκεπτών και γενικά την ευθύνη για την απρόσκοπτη λειτουργία του Εργαστηρίου.
Η χρήση του εργαστηριακού εξοπλισμού επιτρέπεται μόνο στο επιστημονικό προσωπικό του Εργαστηρίου ή σε άλλους ερευνητές που έχουν εκπαιδευτεί στη χρήση των συγκεκριμένων οργάνων και έχουν εξουσιοδοτηθεί από τον Διευθυντή. Εξοπλισμός και εν γένει αντικείμενα του Εργαστηρίου τα οποία παραδίδονται για τη διεξαγωγή εκπαιδευτικού και ερευνητικού έργου επιστρέφονται, μετά τη χρήση τους, στην κατάσταση στην οποία βρίσκονταν κατά την παράδοσή τους
